Zach Cloverleaf vertelt het verhaal van de onfortuinlijke Nathanaël die zijn ouders verliest tijdens een indianenwoede. Deze laatsten uiten hun onvrede tegen de blanken die onbekende ziektes meebrachten en hun gezondheid daardoor ondermijnden. Nathanaël groeit op in een rustige omgeving. Maar wanneer zijn grote liefde van hem wordt afgenomen, ontwaakt zijn woede en gebruikt hij de drie magische stenen die hij sinds de dood van zijn ouders in bezit heeft. Hij doodt zijn baas en wordt daardoor een gevreesd en gezocht cowboy.