Na een wonderbaarlijke ontsnapping keert de U-47 zwaar beschadigd terug naar zijn basis. De averij is zo ernstig dat de bemanning de boot met moeite nog kan laten varen. Het Duitse opperbevel besluit dat het wrak het nog een laatste keer ingezet kan worden tegen de Engelse marinehaven van Portsmouth. Commandant Prien en zijn mannen duiken vervolgens in een vicieuze cirkel van contraspionage en dubbelagenten, waarbij de U-47 als paard van Troje dienst moet doen.